O Cine MuBE apresenta uma programação dedicada aos fãs do cinema. Com ele, o auditório do Museu é transformado, aos finais de semana, em um destacado ponto de encontro para os cinéfilos paulistanos. Em sessões gratuitas, o cineclube apresenta uma programação diversificada, composta por produções de vários países, reconhecidas pela qualidade de seus criadores.